防治病虫害百合的病害主要有疫病、灰霉病、病毒病；百合虫害主要有蚜虫、斑潜蝇、地下各种害虫。疫病主要危害根茎部，同时也危害茎叶、花、种球，受害处出现水浸状斑，后变成褐色并皱缩，植株枯萎，茎从受害处折断而死亡，发病初期可喷40%乙磷铝300倍液、25%瑞毒霉500倍液。